W 1883 roku Koch pracował z francuskim zespołem badawczym w Aleksandrii w Egipcie, badając cholery. Koch zidentyfikowano Vibrio bakterii, która spowodowała cholera, choć nigdy nie udało mu się udowodnić, że w eksperymentach. Bakteria została wcześniej izolowane przez włoski anatom Filippo Pacini w 1854 roku, ale jego prace zostały zignorowane z powodu przewagi teorii miazmaty choroby. Koch był świadomy pracy Pacini i wykonane niezależne odkrycie, a jego większa przewaga pozwoliła odkrycie być rozpowszechnione na rzecz innych. W 1965 roku, jednak, bakteria została oficjalnie zmieniona na Vibrio cholera Pacini 1854 roku. W 1885 roku został profesorem higieny na Uniwersytecie w Berlinie, w 1891 roku został honorowym profesorem wydziału lekarskiego i dyrektor nowej pruskiej Instytut Chorób Zakaźnych ostatecznie przemianowany na Instytut Roberta Kocha, pozycja, z której zrezygnował w 1904 roku.