W 1990 roku nadszedł czas na trzecią część Super Mario. O ile pierwsza część osiągnęła sukces z powodu dołączenia do konsoli (należy pamiętać, że sprzedano ponad 62 miliony sztuk Nintendo NES), o tyle trzecia jest uważana za najlepszą i najbardziej rozwiniętą w całej serii. W trzeciej części głównym zadaniem gracza jest pomoc siedmiu władcom rządzącymi sąsiednimi królestwami. Wszyscy oni stracili swoje różdżki i zostali zamienieni w zwierzęta. Okazało się, że sprawcami całego zamieszania są dzieci poznanego w pierwszej części Bowsera. Jeżeli jednak myślicie, że nie spotkacie więcej tego stwora, mylicie się. Żółwiopodobna kreatura uknuła cały plan, by jeszcze raz porwać księżniczkę. Część ta składa się z ośmiu inaczej wyglądających etapów. Występują w niej nowi przeciwnicy, niespotykane wcześniej powerupy (np. bardzo rzadko spotykany tanooki suit, dzięki któremu można pokonać niemal każdego wroga w grze) i trzech nowych bossów. Odświeżono też wizerunek Bowsera, którego używa się do dziś. Sprzedano ponad siedemnaście milionów egzemplarzy oryginalnej Megaman in Mario World, a łącznie z wersjami wydanymi na inne platformy (SNES i GBA) aż 33 miliony.