W sierpniu 1899, kiedy stało się jasne, że Partia Pracy można manewrować do obalenia rządu Reid, Barton zrezygnował z liderem opozycji, jak był nie do zaakceptowania Pracy i William Lyne zajął jego miejsce. Odmówił złożenia oferty stać Prokuratora Generalnego ponownie. Zrezygnował z parlamentu w lutym 1900, tak aby mógł jechać do Londynu z Alfred Deakin i Charles Kingston wyjaśnić ustawy federacji do rządu brytyjskiego. Rząd brytyjski był nieugięty w opozycji do zniesienia apeluje do Tajnej Rady uwzględnione w projekcie konstytucji, w ??końcu zgodzili się, że Barton konstytucyjnych między sobą spraw będzie sfinalizowana w Sądzie Najwyższym, ale inne sprawy może się odwołać do Tajnej Rady.